Институт хирургии имени Вишневского в Москве испытывает недостаток финансирования научных исследований. По информации Счетной палаты РФ, в 2010 году на ведение исследовательской деятельности учреждение получило 0,3 процента средств от общей потребности. Кроме того, институт закупил лишь 0,8 процента необходимого научного оборудования.